Les trois soeurs se retrouvent dans une course contre la montre lorsque la mythologique boîte de Pandore se retrouve entre les mains de Katya (Michelle Hurd), un démon qui a l'intention d'ouvrir la boîte et de remplir le monde de tous ses malheurs. Phoebe et Piper essaient de trouver Hope (Brooke Nevin), le gardien qui peut faire rentrer tous les mauvais esprits dans la boîte. Pour protéger Hope, les soeurs s'engagent dans un combat contre Katya. Paige est envoyée pour sa première mission en tant qu'Etre de lumière.

Une sorcière très puissante, Imara (Suzanne Krull), jette un sort à Phoebe pour que leurs âmes permutent de corps et que l'âme de Phoebe soit envoyée dans les Enfers. Paige a des problèmes lorsque son premier innocent, Mitchell (Seamus Dever), qu'elle est censée protéger depuis qu'elle a pris ses fonctions d'Etre de lumière, semble avoir choisi le côté sombre et veut faire le mal.

Les soeurs Halliwell découvrent que le nouvel ami 'imaginaire' du petit Wyatt est en fait le démon Vicus (Marcus Chait), qui essaye de gagner la confiance de Wyatt pour le rendre maléfique. Piper récite une formule afin d'être en mesure de comprendre son fils mais par inadvertance, elle amène le Wyatt de 25 ans du futur (Wes Ramsey). Quand Vicus lance une malédiction sur le bébé Wyatt, les conséquences parviennent immédiatement jusqu'au futur Wyatt, qui se transforme physiquement en une version plus maléfique de lui-même.

Le plan de Zankou consistant à rendre les soeurs vulnérables afin qu'il puisse prendre le contrôle du Livre des Ombres commence à fonctionner quand Phoebe culpabilise après qu'un de ses amis soit brutalement tué devant elle et revient de chez les morts pour la blâmer. Paige est démoralisée lorsqu'elle retrouve sa nouvelle protégée morte et réalise qu'elle aurait pu la sauver. Réalisant que Zankou est derrière tout ça, Piper, Phoebe et Paige recherchent l'Alchimiste (John Kassir), qui aide Zankou, et sont confrontées à tous les innocents qu'elles n'ont pas réussià sauver ces 7 dernières années. Par ailleurs, Darryl doit choisir entre protéger les soeurs ou travailler avec Sheridan (Jenya Lano), qui recouvre la mémoire et qui est déterminé à faire le lien entre les soeurs Halliwell et les disparitions non élucidées.

Le Livre des Ombres étant finalement en sa possession, Zankou planifie d'ouvrir le Nexus Spirituel et de prendre le pouvoir de l'Ombre. Pour faire diversion et éloigner l'attention de Zankou du Nexus, Piper, Phoebe et Paige provoquent successivement Zankou pour qu'il se mette après elles. Utilisant une formule du Livre des Ombres, Zankou vole le pouvoir de prémonitions de Phoebe, la rendant incapable d'anticiper les attaques. Les soeurs en viennent à réaliser que la seule manière d'arrêter Zankou est qu'elles se sacrifient. Par ailleurs, l'agent Keyes (Glenn Morshower) de Homeland Security révèle à Sheridan ses suspicions à propos des soeurs Halliwell. Sheridan se porte volontaire pour aller au manoir des Halliwell avec un enregistreur micro-vidéo et finit par dévoiler le secret des soeurs au grand jour... Pour survivre et pouvoir accomplir leur mission en toute tranquillité, elles doivent quitter le manoir et prendre une autre apparence physique.

L'ange de la mort (Simon Templeman) rend visite aux soeurs Halliwell avec un nom familier sur la liste : Léo. Les soeurs jettent un sort afin de cacher leur ancien être de lumière mais celui-ci fonctionne mal et toute la famille se retrouve bientôt avec un petit quelque chose de Léo !! L'ange de la mort parvient quand même à capturer Léo et annonce que les soeurs Halliwell devront faire face à une épreuve importante bientôt, et qu'une d'entre elles pourraient ne pas y survivre. Par ailleurs, Billie et Phoebe sont à la recherche d'indices pour retrouver la soeur de Billie. Elles concluent un pacte avec un démon chasseur de prime qui maintient ses victimes suspendues comme des trophées.

Les parents de Billie sont en ville. Lors d'un dîner organisé à cette occasion, Billie essaie d'en savoir plus sur la tragédie qu'a vécu sa soeur et les raisons pour lesquels ils lui ont caché la vérité. Nanta et Dalvos, un démon femelle vont se servir des parents de Billie pour arriver à leurs fins. Billie finira par apprendre que ses parents n'ont jamais cessés leur recherches sur la disparition de leur fille. Pendant ce temps, Piper filme la vie au manoir pour que son mari ne perde pas une miette de l'aventure, bien qu'il soit parti. Phoebe se pose des questions sur sa vie tandis que Paige et Henry projettent de dîner ensemble au P3...

Billie, qui cherche toujours à retrouver sa soeur, continue à s'en prendre aux démons et à les torturer pour obtenir des réponses. Mais bientôt ceux-ci ne peuvent plus le supporter et les survivants décident de s'en prendre à Billie pour que cesse cette tuerie. L'un des démons connaît le nom de celui qui a kidnappé sa soeur. Va-t-il enfin donner la réponse à la question qui hante la jeune sorcière depuis tant d'années ? Plus tard, Paige, Billie et Harry se retrouvent mêlés à une prise d'otage mais restent impuissants face à cette violence, ne pouvant risquer de dévoiler leur secret aux policiers et journalistes présents. L'occasion idéale pour un démon d'attaquer la jeune sorcière. Par ailleurs, Phoebe aide Piper à organiser la fête d'anniversaire de Wyatt mais celui-ci tourne mal lorsque Wyatt décide d'utiliser la magie pour donner vie à ses poupées et ses jouets.

Phoebe réalise qu'elle doit faire du rangement dans sa vie et décide de s'offrir un nouvel appartement, tandis que Paige songe sérieusement à déménager avec Henry et que Piper essaie de garder le contrôle après la perte de Léo. Cependant, les filles sont forcées de rester sous le même toit quand trois mauvaises sorcières, Phénix, Philar et Patra, les kidnappent, les miniaturisnt et les emprisonnent dans une maison de poupée, qui est la réplique exacte du manoir. De son côté, Billie continue ses recherches pour en découvrir un peu plus sur sa soeur disparue.

En cherchant des informations sur Léo, Piper découvre un message de Lo Pan (Clyde Kusatsu), le gardien d'une équipe Bouddhiste sacrée qui possède le pouvoir d'influence. Lo Pan enseignera à Billie comment s'armer de pouvoirs puissants pour retrouver sa soeur Christy. Phoebe, de son côté, célèbre son indépendance en organisant une fête dont elle finit par perdre totalement le contrôle, et Paige initie Henry au monde de la magie.

Paige commence à réaliser la difficulté de sortir avec un mortel quand Henry essaie de s'immerser dans le monde de la magie. Elle se trouve elle meme bientôt confrontée à un prétendant, Sir Simon Marks, qui espère la convaincre de se marier avec lui afin qu'ils forment ensemble le couple magique ultime. Piper doit églement prendre une décision lorsqu'elle tombe sur son vieil amour, Greg (Jason Shaw) et commence à se demander si elle est prête à accepter la mort de Léo. Pendant ce temps, après que Billie ait retrouvé sa soeur Christy (Marnette Patterson), qui a été tenue en captivité par des démons pendant plusieurs années, elle et Phoebe essaient de l'aider à s'en remettre.

Piper organise la fête de mariage de Paige et Henry, mais le mariage est mis en péril quand le couple commence à douter et prendre peur face à leur engagement. Phoebe remarque un homme étrange qui la suit, et découvre bientôt qu'il s'agit de Cupidon. Pendant ce temps, un démon kidnappe Christy pour tromper les soeurs et les faire attaquer la Triade afin de les empêcher de prendre le contrôle des Enfers.

Après que Paige et Henry soient parti pour leur lune de miel, Coop (cupidon) emmène Phoebe en voyage dans son passé et ses précédentes romances afin de raviver son excitement pour l'amour. Pendant ce temps, un groupe d'ados magiques, qui sont des protégés de Léo, arrivent au manoir pour se cacher de démons qui ont envahis l'école de magie. Piper est obligée de les prendre en charge. Les parents de Billie et Christy arrivent en ville pour une visite, mais Christy refuse de les voir afin de tester Billie.

Coop essaie de trouver l'homme parfait pour Phoebe, qui doit choisir entre un mortel ou quelqu'un de magique. Coop va réaliser ensuite qu'il est tombé amoureux d'elle, juste au moment où celle-ci décide qu'elle veut être avec un mortel. Pendant ce temps, Paige a du mal à gérer sa vie de femme mariée et ses responsabilités de sorcière. Piper traque la ville pour trouver le démon qui a tué les parents de Billie et Christie et les interroger sur le lien entre elles et le 'Pouvoir ultime'. .

Est-ce que Billie et Christy vont former à elles deux le 'Pouvoir ultime' ? Piper, Paige et Phoebe doivent prendre la bonne décision et trouver un moyen de les arrêter. Elles commencent à formuler un plan qui devrait leur fournir les réponses dont elles ont besoin pour ramener Léo. Alors que Piper veut utiliser les grands moyens, Phoebe ne veut toujours pas croire que Billie ne peut plus être sauvée et revenir du côté des gentils. Par ailleurs, on confie à Paige un nouveau devoir d'Etre de lumière mais elle doit agir vite pour sauver sa vie et celle de Mikelle, sa protégée, quand elle est attaquée par deux anges de la mort. Essayant de faire passer Billie du côté obscur, Christy enferme Paige, Phoebe et Piper dans une ville idéale afin de montrer à Billie de quel égoïsme elles sont capable pour satisfaire à leurs besoins. Billie devra décider si elle veut former équipe avec Chirsty pour détrôner les soeurs Halliwell.

Convaincues que les sorcières Halliwell sont trop impliquée pour protéger le 'Bien', Billie et Christy tentent de détruire leur réputation dans la communauté magique. Pouvant se fier à sa propre connaissance des soeurs, Billie jette un sort pour que les filles ne se soucient plus que d'elles-mêmes. Christy, aidée par un démon immortel, trafique chaque sort pour le rendre encore plus dangereux. Ainsi, Phoebe convoite obsessivement Coop, Paige est incapable d'entendre ses protégés tandis que Piper se transforme en une parfaite ménagaire des années 50.

Les 3 soeurs se retrouvent coincées dans le monde souterrain et essayent de restaurer leur réputation que Billie et Christy ont ternie. Piper voit le fantôme de Leo qui donne son accord aux soeurs pour faire équipe avec le démon Nomed. Phoebe brise sans le vouloir le coeur de Coop et Paige lui offre son soutien. Billie, Christy et les soeurs réalisent séparément qu’elles doivent conjurer le Néant, la force la plus puissante jamais connue, afin de vaincre leurs ennemies respectives, ce qui conduit à une  bataille dévastatrice.

Episode Final de la série.

Après la mort de leurs soeurs respectives, Piper et Billie prennent des chemins différents, toutes deux déterminées à retrouver leurs familles. Piper et Leo ont des retrouvailles émouvantes avant qu’elle ne sollicite l’aide de Coop pour remonter dans le temps et changer les événements qui ont conduit à la mort de Phoebe et de Paige.